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EQUIPAMIENTO

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Secuenciadores NGS

  • PGM (LifeTechnologies): Su máxima capacidad de escalado (de10 Mb a 10 Gb) los hace ideales para proyectos de secuenciación dirigida; kits disponibles para longitudes de lectura de 100, 200 y 400 bases.
  • MiSeq (Illumina): La capacidad máxima del equipo es de 15 Gb y 25 millones de lecturas. La longitud máxima es de 2x300pb  lecturas “pairend” (600 ciclos, kit v3). Otras opciones para longitud de lecturas son los kit para corridas de 150 ciclos (kit v3), 50, 300 y 500 ciclos (kits v2).
  • Ion Proton (LifeTechnologies): Su máxima capacidad de escalado (de10 Mb a 10 Gb) los hace ideales para proyectos de secuenciación dirigida; kits disponibles para longitudes de lectura de 100, 200 y 400 bases.
  • HiSeq 1500 (Illumina): Máximo  output: 300 500 Gb., flexibilidad con Rapid Run hasta 90 Gb. Máxima longitud de lecturas: Paired-ends (PE) 2×150 bp.
  • 454 GS FLX+ (Roche): Máxima longitud con lecturas de hasta 1000 bases.

Escáners  de microarreglos

  • Escaner de microarreglos serie C (Agilent): Lector de microarreglos de alta densidad para experimentos de expresión de genes a uno y dos colores y aCGH.
  • BeadXpress (Illumina): Lector de microarreglos para genotipifación utilizando la tecnología GoldenGate de Illumina adaptado al sistema Veracode. Permite el análisis multiplexado de mutaciones simples (SNP) en arreglos de 96 y 384 SNP por muestra. Es capaz de procesar hasta 96 muestras por corrida.

Sistema de PCR multiplex

  • Access Array (Fluidigm): El sistema Access Array es un equipo de alto procesamiento para enriquecimiento de regiones genómicas (targets o blancos) en un conjunto de muestras para su posterior procesamiento en cualquiera de las plataformas de secuenciación NGS disponibles. Permite el uso de oligonucleótidos diseñados a medida (customizados) para cualquier especie en estudio y muestras (múltiplos de 48) para la generación de genotecas indexadas para secuenciación de nueva generación. Estas características hacen que el sistema sea muy versátil para diferentes escalas de ensayos empezando desde una escala mínima de 48 blancos de interés contra 48 muestras (o múltiplos de 48 muestras).